Le Coronavirus Covid19

[tita]

Non, ça ne colle pas avec les déductions auxquelles tu arrives à partir des chiffres que je donne. Et plus généralement, ça ne colle pas avec ton idée que la vaccination ne sert à rien ou serait contre-productive sur le long terme.

Bon, j'ai rien compris. Tu vas arriver a moins que l'immunité de groupe et tu consideres que c'est bien. Je comprends pas comment tu raisonnes. Et de nouveau, au lieu d'utiliser ma remarque pour augmenter ta cohérence, tu reponds par un commentaire de nature personnel.

Je prends une situation réelle. Les chiffres que je donne sont basés sur ce qu'on observe, pas sur des calculs. Tu tires des hypothèses sur la présomption qu'un pourcentage élevé de personnes vaccinées restent dans la catégorie "Sains" du modèle SIR, càd qu'elles peuvent être infectées et transmettre le virus, le vaccin ne protégeant que de la maladie.

Un vaccin a différent effets:
- Efficacité contre la maladie. Là, on parle de plus de 90% pour les vaccins Pfizer ou Moderna. C'est l'efficacité qui a été annoncée.
- Efficacité contre les hospitalisations/cas sévères. On est à 100% pour la plupart des vaccins.
- Efficacité contre l'infection. On n'a pas testé systématiquement chaque jour les personnes vaccinées. C'est une donnée qu'on n'a pas.
- Efficacité contre la transmission. Dans quelle proportion les personnes vaccinées peuvent être infectées et transmettre le virus. Idem, on n'a pas cette donnée très difficile à mesurer.

Une chose qui a été constatée, c'est que les cas d'infection post-vaccinal ont une charge virale beaucoup plus faible, ce qui laisse clairement penser qu'il y a une réduction de la transmission. C'est probable à mon avis qu'on ait une efficacité contre la transmission très élevée. De plus, l'efficacité contre l'infection est probablement assez proche de l'efficacité contre la maladie.

Autrement dit, mon point de vue est que les personnes vaccinées sont à plus de 95% dans la catégorie "Rétablie" du modèle SIR. On n'a pas de preuves concrètes encore, c'est quelque chose qui va se voir dans les prochains mois.

Une question en passant, est-ce que tu penses qu'une infection par le virus immunise plus que le vaccin?

[LeLama]

Je prends une situation réelle. Les chiffres que je donne sont basés sur ce qu'on observe, pas sur des calculs.

Ok, ca me va. Ca rejoint la remarque de Kercoz, qui me semble faire sens. Il est evident que les modeles mathematiques sont fragiles et qu'il faut les prendre avec des pincettes. Neanmoins, je pense qu'ils apportent des informations qualitatives interessantes. Et notamment, j'adhere a la prediction issue des modeles qu'un melange d'immunisation vaccinale et d'immunisation naturelle donnera a long terme un meilleur resultat qu'une immunisation vaccinale seule, qui est la question qu'on discutait.

Tu tires des hypothèses sur la présomption qu'un pourcentage élevé de personnes vaccinées restent dans la catégorie "Sains" du modèle SIR, càd qu'elles peuvent être infectées et transmettre le virus, le vaccin ne protégeant que de la maladie.

Tu peux mettre tous les vaccinés dans la categorie R, ca ne change pas la conclusion. Fais tourner le modele. Tu prends des personnes vaccinees, disons 50%, tu prends un pourcentage d'efficacité, disons 100% pour te faire plaisir. Ca te fait 50% de R ( tu peux changer les parametres precedents si tu veux). Maintenant tu fais tourner deux modeles en parallele avec un R0 de 3 par exemple:
- le premier ou tu mets 50% de R et 49%% de S, et 1% de I comme conditions initiales
- le deuxieme ou tu mets 60% de R ( les 50% vaccinés + 10% d'immunisation naturelle) et 39%% de S, et 1% de I

Tu verras qu'a l'infini, il y a moins de morts quand tu fais tourner le deuxieme modele.

- Efficacité contre les hospitalisations/cas sévères. On est à 100% pour la plupart des vaccins.

Pas vu ca. Toutes les etudes que j'ai vus croisaient les mesures d'hospitalisation avec les tests pcr. Donc ca mesure une nouvelle fois le fait que le test pcr baisse quand on vaccine, mais ce ne mesure pas le fait que les hospitalisations baissent. Pour dire les choses avec un exemple, c'est comme si en france, on remarquait que la proportion de noirs qui ont un accident de voiture est plus faible que la proportion de blancs qui ont un accidents de voiture parmi les gens qui ont un accident. Ca ne dit pas qu'etre noir protege des accidents de voiture. Ca dit juste qu'il y a moins de noirs que de blancs. C'est ce genre de statistique crasseuse qui est faite dans l'article du Nejm sur israel. Ils conditionnent la mesure des hospitalisations a un test pcr positif, qui baisse avec le vaccin. Donc on savait d'avance qu'on trouverait un resultat favorable a l'hypothese vaccinale, parce que les vaccinés ont moins de tests pcr positif.

A ce sujet, j'aimerais bien une etude en toutes causes, ou a defaut au moins avec mesure des anticorps plutot que test pcr. Toutes les etudes que je connais disent sous une forme ou sous une autre, que le test pcr est plus faible chez les vaccinés. Ca rend l'architecture tres fragile. Si tu connais un papier qui prend un autre chemin, je suis preneur.

Une chose qui a été constatée, c'est que les cas d'infection post-vaccinal ont une charge virale beaucoup plus faible, ce qui laisse clairement penser qu'il y a une réduction de la transmission.

De ce que j'ai compris (pas lu en détail), c'est de nouveau une mesure pcr. Ils regardent le nombre de cycles d'amplification necessaire. Une mesure présentee de facon differente, mais qui mesure essentiellement la meme chose que dans l'etude du depart, a savoir le pcr.

Une question en passant, est-ce que tu penses qu'une infection par le virus immunise plus que le vaccin?

Je ne crois pas qu'on puisse repondre a cette question. Il y a plein de niveaux d'immunisation je crois, ce n'est pas oui/non. Et on ne sait toujours pas combien le vaccin immunise du virus en vie reelle. On va le decouvrir dans les prochains mois avec l'ouverture d'israel et de l'angleterre. Il faudra bien 6 mois pour savoir je dirais. Ce delai temporel vaut dans l'autre sens evidemment. Le texas par exemple superforme les etats-unis en ce moment, mais on verra dans quelques mois s'ils font pire ou pas que le reste des US.

Pour dire autrement, si on dit "malade du covid", je dirais oui, c'est ce qui se passe habituellement pour d'autres vaccins. Si on dit "positif pcr covid", c'est different. On peut avoir un test a peine positif ( beaucoup de cycles) et etre peu immunisé je crois.

[GillesH38]

Je prends une situation réelle. Les chiffres que je donne sont basés sur ce qu'on observe, pas sur des calculs.

Ok, ca me va. Ca rejoint la remarque de Kercoz, qui me semble faire sens. Il est evident que les modeles mathematiques sont fragiles et qu'il faut les prendre avec des pincettes. Neanmoins, je pense qu'ils apportent des informations qualitatives interessantes. Et notamment, j'adhere a la prediction issue des modeles qu'un melange d'immunisation vaccinale et d'immunisation naturelle donnera a long terme un meilleur resultat qu'une immunisation vaccinale seule, qui est la question qu'on discutait.

Tu tires des hypothèses sur la présomption qu'un pourcentage élevé de personnes vaccinées restent dans la catégorie "Sains" du modèle SIR, càd qu'elles peuvent être infectées et transmettre le virus, le vaccin ne protégeant que de la maladie.

Tu peux mettre tous les vaccinés dans la categorie R, ca ne change pas la conclusion. Fais tourner le modele. Tu prends des personnes vaccinees, disons 50%, tu prends un pourcentage d'efficacité, disons 100% pour te faire plaisir. Ca te fait 50% de R ( tu peux changer les parametres precedents si tu veux). Maintenant tu fais tourner deux modeles en parallele avec un R0 de 3 par exemple:
- le premier ou tu mets 50% de R et 49%% de S, et 1% de I comme conditions initiales
- le deuxieme ou tu mets 60% de R ( les 50% vaccinés + 10% d'immunisation naturelle) et 39%% de S, et 1% de I

Tu verras qu'a l'infini, il y a moins de morts quand tu fais tourner le deuxieme modele.

euh tu as compté les morts qu'il a fallu avoir avant pour fabriquer tes 10 % d'immunisés ?

de toutes façons tes modèles n'ont rien de réaliste, ils résolvent des équations différentielles à coefficients constants , ce qui n'est pas du tout le cas dans la vie réelle. Les conclusions peuvent donc être tout à fait fausses.

[tita]

Tu peux mettre tous les vaccinés dans la categorie R, ca ne change pas la conclusion. Fais tourner le modele. Tu prends des personnes vaccinees, disons 50%, tu prends un pourcentage d'efficacité, disons 100% pour te faire plaisir. Ca te fait 50% de R ( tu peux changer les parametres precedents si tu veux). Maintenant tu fais tourner deux modeles en parallele avec un R0 de 3 par exemple:
- le premier ou tu mets 50% de R et 49%% de S, et 1% de I comme conditions initiales
- le deuxieme ou tu mets 60% de R ( les 50% vaccinés + 10% d'immunisation naturelle) et 39%% de S, et 1% de I

Tu verras qu'a l'infini, il y a moins de morts quand tu fais tourner le deuxieme modele.

Alors on s'est mal compris.

Quand je parlais des 65-75% de la population adulte vaccinée, c'était dans la situation de la France (et l'Europe en général), en estimant à la louche que 10-15% de précédemment infectés n'allaient pas se faire vacciner, ou plutôt n'allaient pas être dans les priorités.

Dans les pays zéro covid, c'est plus élevé le pourcentage nécessaire. C'est 80-90% de la population adulte. L'Australie a pour objectif de vacciner toute sa population adulte d'ici octobre, ou du moins une très grande majorité. Donc oui, ils vont maintenir leur stratégie Zéro Covid jusque là.

Une question en passant, est-ce que tu penses qu'une infection par le virus immunise plus que le vaccin?

Je ne crois pas qu'on puisse repondre a cette question. Il y a plein de niveaux d'immunisation je crois, ce n'est pas oui/non. Et on ne sait toujours pas combien le vaccin immunise du virus en vie reelle. On va le decouvrir dans les prochains mois avec l'ouverture d'israel et de l'angleterre. Il faudra bien 6 mois pour savoir je dirais. Ce delai temporel vaut dans l'autre sens evidemment. Le texas par exemple superforme les etats-unis en ce moment, mais on verra dans quelques mois s'ils font pire ou pas que le reste des US.

Pour dire autrement, si on dit "malade du covid", je dirais oui, c'est ce qui se passe habituellement pour d'autres vaccins. Si on dit "positif pcr covid", c'est different. On peut avoir un test a peine positif ( beaucoup de cycles) et etre peu immunisé je crois.

Bien sûr qu'il y a des incertitudes sur l'avenir. Mais on a des certitudes sur le présent. On se rend bien compte que les pays qui n'ont pas de stratégie efficace finissent par être forcés à prendre des mesures contraignantes et drastiques sur de longues périodes.

[tita]

Il y a 2 mois, un article avec cette question, est-ce que l'épidémie est terminée en Inde? (l'article mettait en garde le fait que l'immunité collective n'était pas atteinte).

Coronavirus: Is the epidemic finally coming to an end in India?

https://www.bbc.com/news/world-asia-india-56037565

Il y a 2 semaines: "On n'aura pas besoin de confinement."

Explained: How India’s second wave of Covid-19 is different and why lockdown might not be the answer

Aujourd'hui: Confinement pour une semaine d'une agglomération de 20 millions de personnes pour protéger le système de santé.

Delhi Lockdown Update: Amid an exponential rise in Covid-19 cases, Delhi has been placed under lockdown from tonight till next Monday morning (April 26), Chief Minister Arvind Kejriwal announced on Monday. The restrictions will remain in place from 10 PM tonight till 5 AM next Monday. Kejriwal said that city's health system is under stress, adding that hospitals are facing shortage of oxygen and ICU beds.

"In order to prevent a total collapse, L-G Anil Baijal and I took this decision. And in this duration, essential services will be allowed and more beds will also be set up," the Chief Minister said.

"I won't say our health system has collapsed but it is at an alarming stage due to the resurgence," Kejriwal further said, adding the overall situation in the city was critical.

https://www.indiatvnews.com/news/india/ ... wal-698763

Evidemment, quand le nombre de nouveaux cas double tous les 10 jours, on se retrouve très vite face à une situation ingérable. Au final, il ne reste plus beaucoup d'options en dehors d'un confinement.

Encore une fois, on se retrouve face aux mêmes problèmes de base: Propagation exponentielle. Surcharge du système de santé. Confinement.

Les raisons de cette seconde vague? Les mêmes qu'ailleurs: L'attentisme et le "wishful thinking".

Càd les mêmes discours et théories qu'on entend depuis le début. (On en fait trop, il va disparaître à l'été, l'immunité collective est atteinte, ça touche que les vieux, etc.)

L'Inde avait atteint une incidence très faible en février, 5 cas pour 100k habitants sur 7 jours. Ce qui a amené les politiciens, médias et la population à parler d'une immunité collective atteinte et penser que l'épidémie qui était derrière, grâce à une population principalement jeune et en bonne santé. Les mesures ont été relâchées, permettant d'organiser de grands évènements (compétitions de cricket avec plusieurs dizaines de milliers de spectateurs, fêtes traditionnelles, rassemblements électoraux, etc.), d'offrir des doses de vaccins aux pays en ayant besoin (bon, c'est plutôt positif). Et les compétitions continuent encore maintenant.

Du même auteur que l'article que j'ai mis au début de ce post:

Covid-19: How India failed to prevent a deadly second wave
(..)
If the runway infection was not checked, India could be recording more than 2,300 deaths every day by first week of June, according to a report by The Lancet Covid-19 Commission.
(..)
What are the lessons of this public health crisis? For one, India should learn not to declare victory over the virus prematurely, and it should put a lid on triumphalism. People should also learn to adapt to short, local lockdowns in the event of the inevitable future spikes of infection. Most epidemiologists predict more waves, given that India is evidently still far away from reaching herd immunity and its vaccination rate remains slow.

"We cant freeze human life," Professor Reddy said. "If we can't physically distance in the crowded cities, we can at least make sure everyone wears a proper mask. And wear it properly. That's not a big ask."

https://www.bbc.com/news/world-asia-india-56771766

La prédiction de 2'300 décès par jour début juin est très optimiste, au rythme où ça va, on devrait l'atteindre et la dépasser d'ici 2 semaines.

Et tout ça laisse présager d'une situation que l'Europe connaît depuis plusieurs mois, avec une stratégie de mitigation. Une hausse de l'incidence peut être très rapide, mais la baisse est très lente.

[tita]

Prochain pronostic pour le 19 avril: 6'100 réas en cours, 3'000 nouvelles réas sur les 7 derniers jours.

Résultat des courses: 5'970 réas en cours (très petite hausse), 3'054 nouvelles réas sur les 7 derniers jours (baisse marquée).

C'est plutôt positif. La France a finalement passé le pic d'hospitalisations après 3 semaines de semi-confinement. En effet, on observe une baisse de l'incidence. J'ai mal évalué la hausse dans les réas en cours (mais en même temps, je le détermine à la louche en fonction des nouvelles réas que je calcule).

Prochain pronostic (plutôt optimiste) pour le 26 avril: 5'550 réas en cours, 2'300 nouvelles réas sur les 7 derniers jours.

Edit: trompé de date.

[parisse]

On a maintenant assez de recul pour pouvoir affirmer que le nombre de contaminations journalieres baisse, avec un R qui reste quand meme proche de 1 (0.95?). Il faut faire attention au fait qu'on teste nettement moins (par exemple il n'y a pas de scolaires testes).
Mais il ne reste qu'une semaine de vacances et dans 2 semaines les lycees et colleges rouvriront, on peut pronostiquer que ce sera a 1/2 jauge. Je pense que les restrictions de deplacement vont etre prolongees au moins jusqu'a l'Ascension inclus, peut-etre jusqu'au lundi de Pentecote, avec un assouplissement possible le 1er mai mais je pense qu'on devra rester dans sa region.

[Jeudii]

La mortalité par le paludisme est estimée à 24'000 en 2016, mais avec une marge entre 1'600 et 46'500.
(...)
pour 2021, je pense qu'on va très largement dépasser ça.

Depuis janvier on doit être autour de 12k décès covid

+18k en trois semaines, palu dépassé aisément, ta prédiction était la bonne.

https://www.worldometers.info/coronavir ... try/india/

[tita]

La surdispersion est contre-intuitive, et provoque des raisonnements erronés. On imagine que chaque personne infectée transmet à 1 autre personne, hors c'est plutôt qu'une personne infectée sur 10 transmet à 8 autres personnes et que les 9 restants transmettent à 2 personnes.

Le SARS-CoV-2 ne se propage absolument pas comme la grippe

Le faisceau de preuves s'agrandit pour considérer le fait que le nouveau coronavirus - qui n'est plus vraiment nouveau - se répand grâce à une part réduite de personnes qu'il infecte. Cela se traduit par son indice de dispersion qui est estimé à 0,1. À l'inverse du taux de reproduction du virus noté R, qui représente la probabilité moyenne d'infecter une autre personne, l'indice de dispersion noté K représente le rapport entre le nombre d'infections et le nombre de personnes à l'origine de ces dernières. « L'indice de dispersion du SARS-CoV est de 0,1 - ce qui veut dire que ce sont seulement 10 % des infectés qui sont à l'origine de 80 % des infections. Cet indice de dispersion est de 1 pour la grippe, ce qui se traduit par le fait que 45 % des infectés sont responsables de 80 % des infections », explique Antoine Flahault.

Un faible taux de contamination au sein des familles

L'article des chercheurs danois du Niels Bohr Institute et du Département des sciences et de l'environnement de l'université de Roskilde donne des exemples sur le taux des contaminations observées dans les familles : 17 % au Danemark, 12 % en Chine, 16 % en Corée du Sud. Ceci est une illustration du fait que l'indice de dispersion est faible. « Le taux d'attaque du SARS-CoV-2 est faible au sein des familles par rapport aux autres virus respiratoires connus. C'est une des raisons pour lesquelles les mesures de restriction comme les confinements et les couvre-feux fonctionnent », détaille Antoine Flahault.

Trois interactions majeures sont reproduites par les scientifiques dans leur simulation : les contacts proches (à la maison par exemple), réguliers (au travail ou à l'école) et aléatoires. Leurs résultats suggèrent qu'empêcher les seuls contacts aléatoires est la meilleure solution pour endiguer la propagation du virus. « L'observation que l'on fait depuis plusieurs mois sur le terrain tend à donner raison aux résultats de la simulation, affirme Antoine Flahault. La lutte se joue dans la réduction de ces contacts aléatoires qui sont plus dangereux pour la propagation du coronavirus que les contacts proches ou réguliers.

C'est d'ailleurs l'objectif du confinement que de rassembler les personnes à leur domicile. De même, la fermeture des lieux tels que les bars, les restaurants et les salles de sport est basée sur le fait que ce sont des lieux où les rencontres aléatoires sont nombreuses. Si le SARS-CoV-2 se propageait comme la grippe, le confinement serait une grave erreur dans la gestion de l'épidémie », alerte l'épidémiologiste.

Une pandémie de grippe aurait pu se gérer comme ont fait la majorité des pays occidentaux avec la stratégie du "vivre avec" en faisant attention de ne pas saturer le système hospitalier.

https://www.futura-sciences.com/sante/a ... rus-86758/

[alain2908]

Prochain pronostic (plutôt optimiste) pour le 19 avril: 5'550 réas en cours, 2'300 nouvelles réas sur les 7 derniers jours.

te serais tu trompé dans la date ?

[Jeuf]

La surdispersion est contre-intuitive, et provoque des raisonnements erronés. On imagine que chaque personne infectée transmet à 1 autre personne, hors c'est plutôt qu'une personne infectée sur 10 transmet à 8 autres personnes et que les 9 restants transmettent à 2 personnes.

On a plutot : la plupart des personnes ne transmettent pas le virus

Les chiffres que tu donnes aboutissent à un taux de reproduction de 2,8

[tita]

La surdispersion est contre-intuitive, et provoque des raisonnements erronés. On imagine que chaque personne infectée transmet à 1 autre personne, hors c'est plutôt qu'une personne infectée sur 10 transmet à 8 autres personnes et que les 9 restants transmettent à 2 personnes.

On a plutot : la plupart des personnes ne transmettent pas le virus

Les chiffres que tu donnes aboutissent à un taux de reproduction de 2,8

Je me suis mal exprimé. Les 9 personnes ne transmettent pas à 18 personnes, c'est 1-2 qui transmettent à 2 autres en tout, et le reste à aucune autre personne. C'est la dixième personne infectée qui maintient l'épidémie.

Pour un taux de reproduction de 3, on aurait 1 personne qui transmet à 24 autres tandis que les 9 autres infectent 6 autres personnes en tout.

D'où une certaine facilité à réduire le R lorsqu'on réduit les rassemblements.

Ce qui montre aussi que la recherche de contact devrait être très élargie lorsqu'on détecte qu'une personne a infecté une autre personne (recherche de toutes les personnes qu'il a croisé en lieux clos), et non se limiter aux contacts proches.

[tita]

Prochain pronostic (plutôt optimiste) pour le 19 avril: 5'550 réas en cours, 2'300 nouvelles réas sur les 7 derniers jours.

te serais tu tromper dans la date ?

Oui, merci. Quand j'y regarde, ma prédiction est en fait très optimiste cette fois. C'est un peu pour voir si je comprends un truc.

[alain2908]

ta réflexion m'invite à me pencher sur la comparaison du Flux de Réa et du flux de décès.
On a 3 000 entrées en Réa sur 7 jours / contre 2 045 décès
Je ne sais pas quel part des décédés passe par les soins intensifs mais je trouve que l'écart entre ces chiffres est assez faible

[tita]

ta réflexion m'invite à me pencher sur la comparaison du Flux de Réa et du flux de décès.
On a 3 000 entrées en Réa sur 7 jours / contre 2 045 décès
Je ne sais pas quel part des décédés passe par les soins intensifs mais je trouve que l'écart entre ces chiffres est assez faible

Il y a des périodes où le nombre de décès était supérieur au nombre d'entrées en réa. Même ajd, la majorité des décès concerne les personnes de plus de 65 ans qui ne finissent pas forcément en soins critiques (réas).

50% des soins critiques, ce sont des personnes entre 50 et 69 ans. Mais 80-90% (j'ai pas le pourcentage exact) des décès sont dans les 70 ans ou plus. Les personnes très âgées ne vont pas dans les soins critiques.