Le Coronavirus Covid19

[GillesH38]

ha tu as juste de fortes présomptions mais toutes les autres options sont exclues (vu que toi t'y crois pas en DIeu)?

où est-ce que j'ai écrit que toutes les autres options étaient exclues ? relis le fil que j'ai initié sur les évaluations bayesiennes ...La main de dieu, c'est évidemment une plaisanterie, c'est juste pour signaler que le scénario naturel demande des coïncidences tres improbables.

Le scénario naturel est très improbable mais tu as juste de forte présomption? Tu l'estimes à combien cet "improbable"?

"demander des coïncidences improbables" ne veut pas dire "improbable". Il faut distinguer la réévaluation bayesienne de la probabilité finale. Les accidents demandent en général des coïncidences improbables, mais quand on sait qu'ils sont arrivés, ils ne sont plus improbables, ils sont certains ! si tu pars d'un prior proche de 1, il se peut qu'une réévaluation bayesienne le descende à 5 à 10 % par exemple - mais ça reste possible.

[GillesH38]

En fait il est simplement probable que la mutation qui rends le virus très contagieux à eu lieu dans la région de Wuhan.

"la mutation" c'est un certain nombre de mutations sur la spike PLUS l'insertion de 12 bases pour le site de clivage par la furine avec une séquence inédite de codons, et sans formes intermédiaires ni animal porteur détecté.

c'est la main de dieu qui a fait ça?

Il n' y a pas que l' histoire des anticorps , il y a également eu des cas de Covid avérés en Europe dés novembre-décembre 2019 ( France - Italie - Etats-unis ) voir avant .En plus de ça , Il y aurait également eu des cas reportés de covid dés Octobre chez des participant des JO militaire 2019 qui était précisément organisé à Wuhan .Ainsi , la Chine n' a peut-etre probablement pas été l' épicentre du foyer de contamination original car si Oui comment expliquer que ce virus se soit relativement peu propagé en chine ( surtout si il y était présent très tôt ) par rapport au reste du monde ( Le confinement strict en Chine n' a concerné que la région de Wuhan soit environ 5 % de la population chinoise ) . La raison de fond pourrait etre alors qu' un primo-virus de Covid circulait déjà , dés mois avant Wuhan , pas tant en chine mais principalement dans le monde occidental . Celui-ci étant peu contagieux et moins symptomatique . Une première mutation se serait alors produite dans les équipes des JO militaires de Wuhan ( Population jeune ,Rassemblement , nombreux contacts , fortes respirations ) . Puis celle-ci se serait propagé à la ville de Wuhan . D' autres mutations du primo-virus se seraient alors ensuite produites ailleurs dans le monde notamment en Italie . Ce ne serait donc , par exemple ,pas les chinois qui auraient contaminé l' Italie .

c'est assez facile de tester cette hypothèse, on peut faire des tests sérologiques sur tous les participants des jeux de Wuhan, est ce que ça a été fait ou sinon pourquoi ?

là tu fais des hypothèses mais tu ne présentes pas de faits AVERES qui prouvent sans contestation que c'est bien le virus qui circulait massivement avant. Et quelle que soit ton explication, tu devras toujours répondre à la question irritante de pourquoi l'épidémie a commencé à flamber juste dans la ville qui possédait le laboratoire qui stockait la souche de virus la plus proche connue. De quelques manières que tu tournes le problème, c'est une coïncidence bizarre, qui réévalue l'hypothèse d'une fuite du laboratoire.
Mais il est possible que la souche qui ait fuité ait été bégnine, qu'elle se soit répandu dans la population de Wuhan sans etre remarquée, et qu'elle y ait acquis une mutation la rendant plus virulente, ce qui a déclenché ensuite l'épidémie visible.

[GillesH38]

Apres l'opinion d'un astrophysicien , l'opinion d'un virologue, bien plus spécialiste de la question

https://www.salon.com/2021/05/29/a-viro ... ypothesis/

elle est assez balancée, il ne parle pas de théorie du complot ni de racisme anti-chinois, il dit que les deux restent possible et que les virologues l'admettent en majorité, mais les opinions s'étendent entre "90 % de chances d'origine naturelle et 10 % d"une fuite" et "10 % d'origine naturelle et 90 % de fuite" - ce qui me parait décrire assez honnêtement la situation actuelle , plus honnêtement que la description qu'en donne Jeudi ou Ethan Siegel (l'astrophysicien) .

[Jeudi]

(forte corrélation avec la défense du GIEC de ce que j'ai pu constater par exemple).

Perso j’utilise l’expression «  forte corrélation » dans deux cas distincts:
a) suite à une collecte en double aveugle un observateur neutre constate que le calcul du R^2 dépasse un seuil de 0,8 tel que recommandé par [Wilcoxon 53] ou un truc du genre
b) la corrélation est tellement parfaite avec n=1 qu’un observateur neutre décide de se l’étamper bien fort dans le front et de recommencer jusqu’à ce que ça ne fasse plus mal

Tu as d’autres interprétations à suggérer?

je l'entends dans le cas a) , bien sur je l'ai observé sur plus d'un cas, il n'y a pas qu'ici que j'en parle.

Cool. Et c’est quoi ton n exactement? Et le r^2, il vaut combien?

"double aveugle" ne veut strictement rien dire dans ce contexte puisqu'on n'a rien à administrer avec un placebo, c'est une étude observationnelle.

https://fr.m.wikipedia.org/wiki/Étude_r ... pplication

[GillesH38]

Cool. Et c’est quoi ton n exactement? Et le r^2, il vaut combien?

c'est plutot une variable discrète que continue , mais si je donne la valeur 1 au fait de prendre une position très forte en prétendant par exemple que tout ce qui est dans le GIEC est vrai et en contredisant systématiquement tous ceux qui émettent un doute, j'en suis à 4 personnes qui argumentent fortement que l'hypothèse 'lab-leak" n'est pas de la science, que c'est une théorie du complot, et la mettent au niveau de la contestation de 'l'homme sur la Lune; et sur ces 4 , trois sont aussi intervenus dans des discussions sur le climat pour m'agresser pour le même motif , je ne me rappelle pas en avoir discuté avec le 4e mais ça serait interessant de le sonder sur le sujet. (tu en fais partie bien sur). Et si tu rajoutes les contributeurs qui écrivent des articles pour dezinguer l'hypothèse "lab-leak" comme théorie du complot, je pense qu'ils sont aussi tous dans la même catégorie pour le climat .

Je pense que ça procède d'une mentalité commune de "défense d'une communauté , comme les gens qui sont le plus croyants sont aussi ceux qui vont trouver le plus facilement des excuses aux prêtres pédophiles, ou les plus engagés politiquement vont le plus facilement excuser des politiciens corrompus dans leur camp (pas dans l'autre évidemment).

"double aveugle" ne veut strictement rien dire dans ce contexte puisqu'on n'a rien à administrer avec un placebo, c'est une étude observationnelle.

https://fr.m.wikipedia.org/wiki/Étude_r ... pplication

euh ben oui c'est ce que je dis, tout ton texte s'applique quand on veut tester l'impact d'une action, en général l'efficacité d'un médicament. Pour une étude observationnelle ou tu ne "fais" rien, ça n'a pas de sens de distinguer un groupe recevant l'action d'un groupe témoin placebo, puisqu'il n'y a pas d'action. Tu corrèles juste deux quantités dans une population unique.

[tita]

La crainte que la consommation chute drastiquement se dissipe, et les regards se tournent vers le printemps où les pronostics sont plutôt vers une augmentation de la demande, et plus de difficultés à faire augmenter l'offre du fait que les investissements ont diminué.

pour 2021 il n' y a pas de difficultés à faire augmenter l'offre. Il suffit que le prix du WTI monte pour refaire monter la production aux USA de Oil shale.
Si les USA avec Biden assouplissent leur position avec l'Iran il va rapidement y avoir1 ou 2 millions de b/j qui peuvent revenir sur le marché.
Plus le pétrole sous le coude en Arabie Saoudite actuellement sous quota dans les accords OPEP.

Le WTI fini la semaine à $69.38. Le Brent à $71.6.

Le niveau le plus élevé pour le WTI depuis 2015 était de $76.3, et il n'y a qu'entre mai et octobre 2018 que le WTI a été aussi élevé depuis 2015.

L'OPEP a néanmoins annoncé qu'ils allaient progressivement lever leurs quotas. L'Iran se prépare à des assouplissements. Le décompte des forages aux USA continue de remonter.

La demande est toujours partiellement impactée par la pandémie. L'IEA estime que la demande était de 91 Mb/j en 2020 (soit une baisse de 9% par rapport à 2019), et prévoit une demande de 96.5 Mb/j en 2021, mais qui augmente progressivement au court de l'année.

C'est cette augmentation de la demande qui semble influencer les prix. Reste à voir si elle se produira effectivement. On n'est pas à l'abri d'un rebond épidémique comme celui qui s'est produit en Inde, mais dans d'autres régions/pays. Reste à voir, si la demande augmente comme prévu, comment l'offre va la suivre.

[tita]

Au début de ce fil, j'étais convaincu qu'un rebond épidémique allait se produire en Chine. Non pas parce que je considérais la Chine incompétente, ou parce que je pensais qu'elle mentait sur sa situation épidémique réelle. Les statistiques ne sont peut-être pas complètement fiables, mais je suis convaincu qu'elle a réussi à contenir l'épidémie avec des méthodes drastiques, qui ont néanmoins payées sur le long terme. Il y a eu des alertes, mais à des échelles très petites:



J'ai cessé de guetter ce qui s'y passait finalement. D'autres régions (Taïwan, Vietnam) ont traversé toute la période avec un succès similaire pour contenir l'épidémie. Néanmoins, elles font face depuis un mois à une forte augmentation... Enfin, ça reste toujours nettement plus faible que pour nous, mais ils ont du instaurer des mesures plus fortes. Est-ce que ça pourrait se produire en Chine aussi?

Actuellement, la campagne de vaccination bat son plein. La Chine injecte des doses à 1.38% de sa population quotidiennement, ce qui fait la bagatelle de 20 millions de doses par jour (dans l'UE, c'est 3.5 mio de doses par jour). Déjà 50 doses pour 100 habitants ont été injectées, ce qui fait que la Chine va rapidement dépasser le niveau de vaccination qu'on a en Europe, et atteindre un taux de vaccination élevé (>120 doses / 100 habitants) d'ici fin juillet.

Une nouvelle phase s'ouvrira alors à la Chine, qui aura la possibilité de relâcher les contraintes qu'elle applique actuellement (traçage de contact, restriction, masque, quarantaine aux voyageurs) et sporadiquement (quarantaines de villes entières), et laisser le virus se répandre si la vaccination n'empêche pas la transmission. A suivre...

[nemo]

où est-ce que j'ai écrit que toutes les autres options étaient exclues ? relis le fil que j'ai initié sur les évaluations bayesiennes ...La main de dieu, c'est évidemment une plaisanterie, c'est juste pour signaler que le scénario naturel demande des coïncidences tres improbables.

Le scénario naturel est très improbable mais tu as juste de forte présomption? Tu l'estimes à combien cet "improbable"?

"demander des coïncidences improbables" ne veut pas dire "improbable". Il faut distinguer la réévaluation bayesienne de la probabilité finale. Les accidents demandent en général des coïncidences improbables, mais quand on sait qu'ils sont arrivés, ils ne sont plus improbables, ils sont certains ! si tu pars d'un prior proche de 1, il se peut qu'une réévaluation bayesienne le descende à 5 à 10 % par exemple - mais ça reste possible.

ok tu serais donc près à un paris à 10 ou 20 contre 1? au passage avec 5% de chance on est assez nettement dans l'improbable quand on parle pas de quelque chose qui se répéte un grand nombre de fois.

[GillesH38]

oui si je devais parier, 10 contre 1 que c'est une fuite de laboratoire (pas un virus fabriqué à dessein) me parait à moi raisonnable ....

[nemo]

Les mesures sont très fortes en Chine elles sont justes très ciblé dans l'espace et le temps. Les autorités intervienent très tot et c'est ce qui rends ces mesures efficace.

[GillesH38]

C'est intéressant de lire la controverse vu des chinois :

https://www.globaltimes.cn/page/202105/1224362.shtml

malheureusement je ne vois pas dans cet article quels sont les arguments convaincants pour dire que l'hypothèse "lab leak" est improbable - on pourrait s'attendre à ce que ce genre d'article présente les arguments les plus convaincants non ?

ça borne donc la qualité des arguments présentés pour discréditer l'hypothèse "lab leak", et cette borne me parait assez basse ...

[Glycogène]

Perso, je suis entre 3 à 5 contre 1 pour le labo leak.
Je n'ai pas regardé de près les articles qui donnent les arguments de Gilles.
Par exemple, la furine serait codée à 1/6 par CCG, car il y a 6 façons de coder la furine.
Ah bon, c'est équiprobable ? Cette stat a-t-elle été vérifiée dans les coronavirus (ou au moins les virus) ? Il y a peut être des avantages au niveau résistance de l'ADN en milieu agressif de coder d'une façon ou d'une autre.
Tout ceci a peut être été étudié, mais comme je n'ai pas vérifié, je ne vais pas accepter les arguments de Gilles sans les pondérer à la baisse (je ne les rejette pas complètement non plus, je sais qu'il ne va pas rapporter des faits décrits dans des articles de façon complètement fausse).

Un argument contre l'hypothèse du labo : le labo de Wuhan étudie les coronavirus car justement la région est favorable à des zoonoses de ce genre, et que c'est facile de trouver des échantillons dans les animaux du coin.
En gros, en l'absence du labo, on n'aurait pas été étonné que le covid vienne de cette région. Il y en a d'autres qui sont aussi favorables, mais c'en est une. On ne peut pas mettre toutes les régions du monde avec la même probabilité d'éclosion de zoonose.

[GillesH38]

C'est d'ailleurs intéressant de regarder l'épidémie du premier SRAS

https://fr.wikipedia.org/wiki/Syndrome_ ... igu_sévère

le premier cas a été détecté en 2002 chez un fermier de la province de Shanxi, où il n'y pas de ville "très" importante (enfin pour les critères chinois, la capitale, Taiyuan, a 3 millions d'habitants). Je n'ai pas trouvé trace d'un laboratoire de virologie de type P3 et P4, et à l'époque on ne savait pas bricoler les virus comme maintenant. L'hote animal a été relativement rapidement identifié (la civette). Le contrôle de l'épidémie, bien que tardivement déclarée par les chinois, a permis de limiter l'épidémie à 8000 cas environ et 774 décès.

Ce qui est intéressant, c'est qu'il y a eu une résurgence en mai 2004 de 9 cas, et les 9 cas ont été liés à deux contaminations survenues dans des laboratoires étudiant le virus ... ce n'est donc pas du tout un évènement "a priori improbable".

[Jeudi]

Cool. Et c’est quoi ton n exactement? Et le r^2, il vaut combien?

c'est plutot une variable discrète que continue

WoW. Bon, on ira pas plus bas.

[GillesH38]

Perso, je suis entre 3 à 5 contre 1 pour le labo leak.
Je n'ai pas regardé de près les articles qui donnent les arguments de Gilles.
Par exemple, la furine serait codée à 1/6 par CCG, car il y a 6 façons de coder la furine.
Ah bon, c'est équiprobable ? Cette stat a-t-elle été vérifiée dans les coronavirus (ou au moins les virus) ? Il y a peut être des avantages au niveau résistance de l'ADN en milieu agressif de coder d'une façon ou d'une autre.
Tout ceci a peut être été étudié, mais comme je n'ai pas vérifié, je ne vais pas accepter les arguments de Gilles sans les pondérer à la baisse (je ne les rejette pas complètement non plus, je sais qu'il ne va pas rapporter des faits décrits dans des articles de façon complètement fausse).

alors pour préciser , d'après ce que j'ai lu (je reconnais volontiers que je n'y connaissais rien il y a deux mois , enfin je connais le principe du codage génétique mais pas ces détails ) :

le codage n'est pas celui de "la furine", la furine est une enzyme humaine produite naturellement dans notre corps. Elle a la propriété de couper ( "cliver" ) certaines protéines ce qui permet ensuite aux fragments d'avoir une nouvelle activité, en reconnaissant certaines séquences cibles dans ces protéines. Par exemple comme dit dans wikipedia elle participe au clivage produisant l'albumine et la forme active de l'insuline (https://fr.wikipedia.org/wiki/Furine )

Ce qui existe dans la protéine S du coronavirus, c'est un site de clivage de la furine, c'est à dire un site reconnu par la furine qui coupe la protéine à cet endroit (un genre de signal : couper selon ces pointillés) . Ce clivage permet ensuite à une sous-unité de la protéine de fusionner avec la membrane de la cellule attaquée ce qui permet au virus d'entrer efficacement dans la cellule.

Le site de clivage est assez simple : 4 acides aminés qui se suivent , Proline, Arginine, Arginine, Alanine (notés PRRA conventionnellement).
Les points bizarres sont

a) ce site n'existe pas dans le virus naturel le plus proche identifié, le RaTG13 (qui est bien moins contagieux, les mineurs morts dans la mine qui contenait des excréments de chauve souris le contenant n'ont contaminé personne à l'hôpital).

b) la différence d'ARN avec RaTG13 n'est pas une simple mutation d'un acide aminé en un autre mais une insertion de 12 nucleotides (3 par acide aminé) supplémentaires

c) en fait il n'existe dans aucun autre coronavirus de type "beta", du type du SARS-cov2 . Il existe des sites de clivages chez d'autres coronavirus mais contenant d'autres séquences de clivage et à d'autres endroits. On ne peut pas invoquer un événement de recombinaison (un bout entier d'ARN qui aurait été "absorbé" par un virus ancestral) avec un virus connu.

d) L'arginine peut etre codée par 6 codons (suite de 3 nucléotides, la base du code génétique) différents : CGT, CGC, CGA, CGG, AGA et AGG. En l'occurence les DEUX arginine (pas une, deux) sont codées par CGG. Or c'est le codon le MOINS utilisé par le coronavirus , seulement dans 5 % des cas, et c'est la seule séquence CGG-CGG double existant dans son génome.

e) en revanche CGG est le codage le plus courant chez l'homme (pas de beaucoup, apparemment 4 codages se partagent 80 % des cas à environ 20% chacun); et c'est le codage préféré des labos quand ils fabriquent de l'ARN synthétique pour coder une arginine.


Voila ça ne prouve pas que cette séquence ait été "rajoutée", elle peut etre apparue par une mutation naturelle, mais c'est juste une bizarrerie de plus.

Un argument contre l'hypothèse du labo : le labo de Wuhan étudie les coronavirus car justement la région est favorable à des zoonoses de ce genre, et que c'est facile de trouver des échantillons dans les animaux du coin.
En gros, en l'absence du labo, on n'aurait pas été étonné que le covid vienne de cette région. Il y en a d'autres qui sont aussi favorables, mais c'en est une. On ne peut pas mettre toutes les régions du monde avec la même probabilité d'éclosion de zoonose.

ce n'est pas un argument CONTRE l'hypothèse du labo au sens où ça la rendrait moins probable. C'est un argument qui diminue l'importance de réévaluation de l'hypothèse labo (par exemple au lieu de l'augmenter d'un facteur 100 ça ne l'augmente que d'un facteur 10). C'est différent. Par exemple comme je rappelle dans la résurgence du SRAS qui a lieu en mai 2004 à Pékin où il y avait un labo qui étudiant le coronavirus en question ...et bien ça venait bien du labo. Meme si évidemment "'en soi" ce n'est pas tres étonnant que l'épidémie arrive dans la capitale et une des villes les plus peuplés. Mais en l'occurrence les 2 personnes "zéro" avaient bien travaillé dans ce laboratoire.