Le Coronavirus Covid19

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Re: Le Coronavirus Covid19

Message par LeLama » 20 sept. 2020, 10:19

Un truc interessant dans ce document, figure 38, page 33 : depuis le mois d'avril, toutes les mesures de prevention baissent au benefice du masque. C'est a dire que les gens adoptent de plus en plus le masque chaque semaine, mais qu'en contrepartie la distanciation, le lavage de mains, ne pas se serrer la main ... sont des mesures de moins en moins respectées.

C'est embetant, parce que ca veut dire qu'on a troqués des mesures qui font scientifiquement plutot consensus contre des mesures a l'efficacité incertaine. C'était un des arguments des suedois contre le masque, la crainte que l'adoption du masque baisse l'adhesion aux autres gestes de protection.

Sinon, je viens de voir que les pays-bas viennent d'abandonner l'obligation du masque, alors qu'ils sont comme la france en pleine reprise covide. Est-ce par ce qu'ils constatent comme en France que le masque se porte au detriment des gestes barrieres attendus comme plus efficaces ??

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Re: Le Coronavirus Covid19

Message par LeLama » 20 sept. 2020, 11:44

Pour la population immunisee, on doit quand meme avoir une bonne cohorte aujourd'hui. En ce moment, les tests positifs depassent 5% et la fenetre de tir pour le depistage est d'une dizaine de jours me semble-t-il (??). Si on immunise 5% de gens tous les 10 jours, et qu'on ajoute a ceux immunisés par la premiere vague, et ceux immunisés de facon rampante pendant le confinement et l'apres-confinement a un rythme plus faible, ca doit faire quand meme un paquet de gens immunisés.

Sans savoir combien exactement, je crois qu'on a assez de chiffres pour dire que les previsions de 500 mille morts en france etaient tres largement a coté de la plaque. Je peux comprendre que les dirigeants aient réagi dans l'urgence pour la premiere vague, mais je croise les doigts pour qu'on applique dorenavant des mesures en relation avec les chiffres dont on dispose aujourd'hui et qu'on ne reconfine pas...

Est ce que quelqu'un connait plus précisément la fenetre de depistage ? Ca nous permettrait de calculer une estimation de la population immunisée a partir des tests...

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Re: Le Coronavirus Covid19

Message par hyperion » 20 sept. 2020, 12:35

qh'entends -tu par fenetre de dépistage? est que ce graphe correspond

Image


https://solidarites-sante.gouv.fr/soins ... -questions
dans 1984, la novlangue; mais surtout la double pensée: la guerre c'est la paix, la liberté c'est l'esclavage, l'ignorance c'est la force, l'hcq c'est hautement toxique

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Re: Le Coronavirus Covid19

Message par LeLama » 20 sept. 2020, 14:13

hyperion a écrit :
20 sept. 2020, 12:35
qh'entends -tu par fenetre de dépistage? est que ce graphe correspond
Oui, merci hyperpion, c'est bien ca. La fenetre est beaucoup plus longue que ce que je pensais, c'est 24 jours. Ca veut dire qu'en ce moment on immunise en gros 5,5/24=0.23% par jour, sous l'hypothese que les tests sont représentatifs du taux de positivité en France.

Ca me parait un bon rythme, suffisamment lent pour que les hopitaux ne soient pas debordés, et suffisamment rapide pour qu'on n'attende pas 5 ans avant d'atteindre l'immunité de groupe et pour qu'on puisse revivre normalement à moyen terme.

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Re: Le Coronavirus Covid19

Message par tita » 20 sept. 2020, 16:08

LeLama a écrit :
20 sept. 2020, 11:44
Pour la population immunisee, on doit quand meme avoir une bonne cohorte aujourd'hui. En ce moment, les tests positifs depassent 5% et la fenetre de tir pour le depistage est d'une dizaine de jours me semble-t-il (??). Si on immunise 5% de gens tous les 10 jours, et qu'on ajoute a ceux immunisés par la premiere vague, et ceux immunisés de facon rampante pendant le confinement et l'apres-confinement a un rythme plus faible, ca doit faire quand meme un paquet de gens immunisés.
Tout comme parisse, tu essaies d'estimer la part de la population française qui a été infectée à partir de quelques informations et de ton intuition. Je vais essayer de faire pareil, mais en raisonnant un peu plus et de façon grossière.

On sait qu'on a eu une grande quantité de personnes qui ont été infectées lors de la première vague. On parle de 3-4 millions de personnes (les 5-7% qui ont été estimés par Pasteur et SPF), alors que les tests virologiques en ont détecté 150'000. Donc 20 personnes infectées pour chaque cas détecté. C'est aussi dû au fait que tous ceux qui ont été infectés en janvier-février n'ont jamais été testé, et qu'on a finalement testé que les cas qui avaient des symptômes importants. Il y avait 30% des gens testés entre mars-avril qui étaient porteurs, basé sur le fait qu'au 21 avril, 450'000 test avaient été effectués en tout et que 120'000 personnes étaient positives à cette date (source, SPF, https://www.franceinter.fr/sciences/cor ... t-de-temps + worldometers). La propagation a ensuite été extrêmement réduite (pas très étonnant, confinement oblige), ce qui fait qu'on n'a pas eu de millions de nouveau cas jusqu'à août. On a détecté ~50'000 cas entre juin et août, aux alentours de 1% des personnes testées...

J'ai parlé de 20 personnes infectées pour 1 cas détecté, au moment où on était en manque de test. Du coup, c'est ma limite extrême, ça peut pas être pire que ça. Y'en a peut-être 3-5 fois plus qui n'ont pas été détectés durant l'été (estimation grossière de ma part). En tous cas pas le rapport de 20 lorsqu'on manquait de tests. Donc, ça ferait 150k-250k en plus. Ce qui n'est clairement pas énorme.

Enfin, on a la vague actuelle... Depuis début août, il y a 250'000 nouveaux cas qui ont été détectés. Combien de cas ne sont pas détectés pour chaque cas détecté? Je suis généreux, je vais estimer 10. Donc, 2.5 millions... Soit 2% de la population, dans cette nouvelle vague.

Voilà... C'est mon estimation. On a peut-être 10% de la population française qui a été infectée. Bien sûr, l'idée d'un virus qui aurait muté et sa virulence réduite, émise par un éminent spécialiste en infectiologie, fait que mon estimation du nombre de cas infectés pour chaque cas détecté serait erronée. Je me base sur l'hypothèse que le virus n'a pas fondamentalement changé. Du coup, penser qu'on a déjà 20% de la population qui est immunisée me semble très improbable actuellement. Après, faut aussi que l'estimation de Pasteur et SPF soit correcte.
LeLama a écrit :
20 sept. 2020, 14:13
Oui, merci hyperpion, c'est bien ca. La fenetre est beaucoup plus longue que ce que je pensais, c'est 24 jours. Ca veut dire qu'en ce moment on immunise en gros 5,5/24=0.23% par jour, sous l'hypothese que les tests sont représentatifs du taux de positivité en France.
Tu comprends quand même qu'en évoquant 0.23% par jour, ça fait 4.5 millions sur un mois, et donc qu'on serait en un mois dans la même situation qu'en avril? Pour que ça soit réaliste, il faut soit que Pasteur et SPF aient fortement sous-estimé le nombre de personnes infectées lors de la première vague, soit que la virulence du virus soit fortement diminuée.

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Re: Le Coronavirus Covid19

Message par LeLama » 20 sept. 2020, 18:02

tita a écrit :
20 sept. 2020, 16:08
Tu comprends quand même qu'en évoquant 0.23% par jour, ça fait 4.5 millions sur un mois, et donc qu'on serait en un mois dans la même situation qu'en avril? Pour que ça soit réaliste, il faut soit que Pasteur et SPF aient fortement sous-estimé le nombre de personnes infectées lors de la première vague, soit que la virulence du virus soit fortement diminuée.

Pour etre sur qu'on se comprenne bien, les 0.23% dont je parle s'ajoutent chaque jour au taux de personnes deja immunisees. C'est en ce moment aujourd'hui le 20 septembre avec un taux de 5.5% de positif. C'etait moins y'a une semaine ou on avait 5% de positif, ce sera plus dans une semaine si taux de positivité continue a monter et depasse les 5.5%.

Les hypotheses que j'utilise implicitement pour mon calcul sont les suivantes:

- il y a une fenetre de tir de 24 jours pendant laquelle une personne positive a un test pcr positif.
- le taux de personnes immunisees correspond au nombre de personnes qui auraient eu un test pcr positif un jour dans leur vie ( peu importe qu'elles aient fait ce test ou pas).
- le taux de positivité des tests pcr est representatif du taux de positif pcr dans la population francaise

Je n'utilise rien d'autre je crois. Le reste est du pur formalisme de maths. Aucune de ces hypothese n'est exacte, mais aucune ne me semble vraiment a coté de la plaque. Si je me trompe de 30% sur chacune des hypotheses, et que ces erreurs s'ajoutent au lieu de se compenser, ca ferait une erreur d'un facteur 2.2.

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Re: Covid : Seconde vague et REconfinement.

Message par alain2908 » 20 sept. 2020, 18:21

Glycogène a écrit :
20 sept. 2020, 10:11
On a toujours des classes de 35 élèves confinés plusieurs heures par jour, serrés au coude à coude dans une pièce mal aérée.
Mais le ministre passe son temps dans les médias pour dire que toutes les précautions sont prises et que tout va bien.
quelle serait ta recommandation ?

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Re: Covid : Seconde vague et REconfinement.

Message par Remundo » 20 sept. 2020, 18:26

sans dire ce qu'il arrive à la cantine... bien pire que la classe. :roll:

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Re: Le Coronavirus Covid19

Message par parisse » 20 sept. 2020, 18:53

@LeLama: je pense que la positivite parmi les personnes testees est biaisee vers le haut, d'une part il y a des symptomatiques qui se font tester (avec priorite dans certains cas), d'autre part des gens qui pensent (a tort ou a raison) avoir pris des risques.
Par contre je ne suis pas d'accord avec l'estimation de tita qui considere que l'estimation de Pasteur pour la 1ere vague est bonne, alors qu'elle est en contradiction avec 2 etudes de seroprevalence. Et on voit bien dans le dernier bulletin de SPF qu'ils sont en train de tripatouiller les chiffres parus dans le bulletin du 9 juillet dernier en modifiant la definition de sero-prevalence sur des bases qui paraissent pour le moins douteuses.

Mon estimation c'est qu'il faut rajouter un peu moins de 1% de la population nouvellement contaminee par semaine. Ca ferait peut-etre +4% pour la 2eme vague si on est proche du max des contaminations. On a actuellement un peu plus de 40 morts par jour soit 20 fois moins qu'au plus haut du printemps, mais
1/ il faut s'attendre a un doublement d'ici 2 semaines vu le delai entre cas et deces, on passe d'un facteur 20 a 10
2/ on soigne mieux qu'au printemps, on passe (en cas) d'un facteur 10 a 5
3/ la part de personnes a risques contaminees est peut-etre moindre qu'au printemps, les personnes agees se protegent plus (covidtracker donne 25% de plus de 70 ans parmi les cas au printemps, contre moins de 10% aujourd'hui, mais avec des tests faits dans des conditions tres differentes).
Donc il y aurait un rapport disons 4 entre la 1ere vague et la 2eme vague, et 4*4%=16% qui est mon estimation de la population contaminee par la 1ere vague (ce qui donnerait 0.3% de mortalite).

Tout ca est evidemment tres sujet a caution, car on manque de sondages. Je ne comprends toujours pas pourquoi on n'a pas de campagnes de sondages PCR et de sero-prevalence.

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Re: Le Coronavirus Covid19

Message par LeLama » 20 sept. 2020, 20:46

J'ai fait le calcul avec les donnees du gouv et la methode exposee precedemment, j'arrive
a 13,5% d'immunisés depuis le 13 mai. C'est sans doute un peu surestimé car comme le fait remarquer Parisse, "la positivite parmi les personnes testees est biaisee vers le haut"

A mi-avril santéPublicFrance annonce une seroprevalence de 6.7% ( mesures, pas modeles si je comprends bien (?? j'ai pas tout suivi...).

Donc une fourchette de seroprevalence entre 15 et 20% me parait plausible.

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Re: Le Coronavirus Covid19

Message par tita » 20 sept. 2020, 22:16

LeLama a écrit :
20 sept. 2020, 20:46
J'ai fait le calcul avec les donnees du gouv et la methode exposee precedemment, j'arrive
a 13,5% d'immunisés depuis le 13 mai. C'est sans doute un peu surestimé car comme le fait remarquer Parisse, "la positivite parmi les personnes testees est biaisee vers le haut"

A mi-avril santéPublicFrance annonce une seroprevalence de 6.7% ( mesures, pas modeles si je comprends bien (?? j'ai pas tout suivi...).

Donc une fourchette de seroprevalence entre 15 et 20% me parait plausible.
Je ne comprends absolument pas ton calcul. Mais, parlons en nombre... 13.5%, ça fait à peu près 9 millions de français, alors qu'on en aurait détecté que 300'000 dans la même période (depuis le 13 mai). Ce qui veut dire que pour chaque personne détectée, il y en a 30 autre qui ont été infectées et n'ont pas été détectées.

Etant donné que la majeure partie des cas sont dans les dernières semaines (160'000 cas depuis le 1er septembre), tu es plus ou moins en train de dire qu'actuellement il y a 4.8 millions de français infectés (et pas encore guéris) et qu'on ne s'en rend pas compte.

Est-ce que ça tes sembles cohérent, ou ne penses-tu pas qu'il y a un problème dans ta méthode?

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Re: Le Coronavirus Covid19

Message par LeLama » 20 sept. 2020, 22:39

tita a écrit :
20 sept. 2020, 22:16
Etant donné que la majeure partie des cas sont dans les dernières semaines (160'000 cas depuis le 1er septembre), tu es plus ou moins en train de dire qu'actuellement il y a 4.8 millions de français infectés (et pas encore guéris) et qu'on ne s'en rend pas compte.

Est-ce que ça tes sembles cohérent, ou ne penses-tu pas qu'il y a un problème dans ta méthode?
Ca me semble a peu pres cohérent. Les derniers chiffres du gouv donnent un taux de positivité de plus de 6% entre le 13 et 17 septembre, ca fait 4.2millions sur 70 millions.

La légère difference avec ton chiffre de 4.8 millions vient du fait que les tests sont de plus en plus nombreux. Tu fais un calcul a la louche d'un facteur 30 en supposant qu'il est constant dans le temps. En fait, le facteur multiplicatif etait un peu plus élevé debut mai ou on testait moins, et un peu moins élevé maintenant ou on teste davantage.

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Re: Le Coronavirus Covid19

Message par energy_isere » 20 sept. 2020, 22:55

Covid-19 : 13 nouveaux départements placés en «zone de circulation active» du virus
Plus de la moitié des départements français sont désormais classés rouge, avec un taux d’incidence supérieur à 50 pour 100 000 habitants.

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Re: Le Coronavirus Covid19

Message par LeLama » 20 sept. 2020, 22:58

tita a écrit :
20 sept. 2020, 22:16
Je ne comprends absolument pas ton calcul.
En gros, pour chaque jour, tu estimes le nombre de malades ayant contracté le virus ce jour et tu les ajoutes. La subtilité vient du fait que comme le test est positif sur 24 jours glissants, tu risques de compter 24 fois trop de positifs pour le jour J car tu comptes les positifs ayant contracté la maladie à d'autres dates que celle qui t'interesse. Pour pallier cet ecueil, le nombre de positifs attachés au jour J est donné par le taux de positivité le jour J divisé par 24. Ensuite, c'est de l'arithmetique usuelle.

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Re: Le Coronavirus Covid19

Message par GillesH38 » 20 sept. 2020, 23:05

LeLama a écrit :
20 sept. 2020, 22:58
tita a écrit :
20 sept. 2020, 22:16
Je ne comprends absolument pas ton calcul.
En gros, pour chaque jour, tu estimes le nombre de malades ayant contracté le virus ce jour et tu les ajoutes. La subtilité vient du fait que comme le test est positif sur 24 jours glissants, tu risques de compter 24 fois trop de positifs pour le jour J car tu comptes les positifs ayant contracté la maladie à d'autres dates que celle qui t'interesse. Pour pallier cet ecueil, le nombre de positifs attachés au jour J est donné par le taux de positivité le jour J divisé par 24. Ensuite, c'est de l'arithmetique usuelle.
pas sur d'avoir compris là ... un malade testé positif ne se re-teste pas 24 fois , pourquoi le nombre de positifs serait 24 fois plus élevé que le nombre de malades ??
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